Po ukończeniu nauki zdecydował się wstąpić do zakonu pijarów z powodu maryjnego charakteru tego zgromadzenia. W 1656 r. złożył śluby zakonne, a 12 marca 1661 r. przyjął w Brzozowie k. Rzeszowa święcenia kapłańskie z rąk biskupa przemyskiego Stanisława Tarnowskiego. Pracował jako kaznodzieja, moderator bractwa Matki Bożej Łaskawej, prefekt w kolegium, dwukrotnie był czasowym zastępcą rektora w domu zakonnym w Warszawie. Był też cenionym spowiednikiem. Ciekawe jest to, że spowiadał m.in. nuncjusza papieskiego w Polsce Antonio Pignatellego, który później został papieżem Innocentym XII.

 

27 września 1667 r. wyjechał do Rzymu na wezwanie przełożonego generalnego. W 1668 r. został wysłany przez generała do Nikolsburga (Mikulov, Czechy), a rok później we wrześniu przyjechał do rezydencji pijarów na Kazimierzu w Krakowie. W styczniu 1670 r. został uwięziony, najpierw w domu zakonnym w Podolińcu, a później w Prievidzy (Słowacja). Po 3 miesiącach został zwolniony i wrócił na Kazimierz i oddał się pod opiekę biskupa. Zrażony panującą wśród pijarów tendencją do łagodzenia reguły, w 1670 r. poprosił o zwolnienie ze ślubów i przystąpił do zakładania nowego dzieła apostolskiego. 11 grudnia tego roku z rąk wiceprowincjała M. Krausa otrzymał dyspensę papieską i jednocześnie w obecności tych samych osób dokonał aktu oblatio z zamiarem założenia Zakonu Marianów od Niepokalanego Poczęcia NMP.

 

Od 1671 r. przez dwa lata był kapelanem u Karskich w Luboczy, tu przyjął biały habit na cześć Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. 30 września 1673 r. za radą o. Franciszka Wilgi, kameduły, i za zgodą biskupa Stefana Wierzbowskiego, o. Papczyński przybył do Puszczy Korabiewskiej (zwanej potem Maryjańską), gdzie został przełożonym wspólnoty pustelników. Biskup Jacek Święcicki, archidiakon i oficjał warszawski, podczas wizytacji 24 października 1673 r. zatwierdził dekretem pierwszy klasztor zakonu marianów. Ten moment uważa się za początek historii Zgromadzenia Księży Marianów. W 1677 r. fundacja instytutu Księży Eremitów Marianów w Puszczy Korabiewskiej została zaaprobowana przez Sejm Rzeczypospolitej. W tym samym roku biskup poznański Stefan Wierzbowski zaprosił marianów do tworzonej właśnie Nowej Jerozolimy (obecnie Góra Kalwaria). Stanisław Papczyński wraz ze swoją wspólnotą roztoczył tam opiekę duszpasterską nad pielgrzymami.

 

W czerwcu 1684 r. Założyciel zwołał w Puszczy Korabiewskiej pierwszą kapitułę generalną, a sześć lat później pojechał do Rzymu, by uzyskać aprobatę papieską dla mariańskiego instytutu. Jednak choroba pokrzyżowała jego plany i musiał wrócić, nie osiągnąwszy celu. Jesienią 1698 r. wysłał do Rzymu w tej samej sprawie o. Joachima Kozłowskiego. 21 września 1699 r. zakon marianów uzyskał aprobatę od Stolicy Apostolskiej; po przyjęciu “Reguły Dziesięciu Cnót NMP” i agregacji do zakonu Braci Mniejszych zakon marianów stał się zakonem o ślubach uroczystych. 15 października tego roku powstała trzecia fundacja w Goźlinie.

 

6 czerwca 1701 r. o. Stanisław Papczyński złożył uroczyste śluby na ręce nuncjusza apostolskiego Franciszka Pignatellego w Warszawie, miesiąc później przyjął profesję zakonną swoich współbraci. Przez ostatnie lata założyciel marianów stopniowo zapadał na zdrowiu i 17 września 1701 r. umarł w Górze Kalwarii, gdzie też w kościele “Wieczerzy Pańskiej” został pochowany. Jego beatyfikacji dokonał we wrześniu 2007 r. w Licheniu kard. Tarcisio Bertone, legat papieski.