Odpowiadając na rodzące się powołanie do kapłaństwa, od 1942 r. pobierał naukę w tajnych kursach formacyjnych przy seminarium krakowskim, prowadzonym przez arcybiskupa Krakowa, kard. Adama Stefana Sapiehę. Równocześnie był jednym z organizatorów tajnego „Teatru Rapsodycznego”. 

Papież Pius XII mianował go, 4 lipca 1958 roku, biskupem tytularnym Ombi i pomocniczym krakowskim. Sakrę biskupią otrzymał dnia 28 września 1958 roku w katedrze na Wawelu, z rąk Arcybiskupa Eugeniusza Baziaka. 

13 stycznia 1964 roku Papież Paweł VI mianował go Arcybiskupem Krakowa, wynosząc go, 26 czerwca 1967 roku, do godności kardynalskiej. 

Jako uczestnik prac Soboru Watykańskiego II (1962-1965) uczestniczył aktywnie w przygotowaniu konstytucji soborowej Gaudium et spes. W okresie poprzedzającym wybór na Stolicę Piotrową, kardynał Wojtyła uczestniczył w 5 zgromadzeniach plenarnych Synodu Biskupów. 

Został wybrany papieżem 16 października 1978 roku. Dnia 22 października tegoż roku odbyła się uroczysta inauguracja jego pontyfikatu. 

Jan Paweł II odbył 146 wizyt duszpasterskich we Włoszech a jako biskup Rzymu odwiedził 317 z 332 parafii rzymskich. Dokonał 104 podróży apostolskich, które są przejawem jego pasterskiej troski o Kościół Powszechny.  Spośród licznych dokumentów opublikowanych za jego pontyfikatu należy podkreślić 14 encyklik, 15 adhortacji apostolskich, 11 konstytucji apostolskich i 45 listów apostolskich. Jako papież napisał 5 książek: „Przekroczyć próg nadziei” (październik 1994), „Dar i Tajemnica” (listopad 1996)), „Tryptyk rzymski” (marzec 2003), „Wstańcie! Chodźmy!” (maj 2004) i „Pamięć i tożsamość” (luty 2005). Jan Paweł II przewodniczył osobiście 147 ceremoniom beatyfikacji, w czasie których ogłosił 1338 błogosławionych i 51 ceremoniom kanonizacyjnym, ogłaszając 482 nowych świętych. Zwołał 9 konsystorzy, w których mianował 231 (1 in pectore) kardynałów. Przewodniczył 6 zgromadzeniom plenarnym Kolegium Kardynałów. Od roku 1978 powołał 15 zgromadzeń Synodu Biskupów: 6 zwyczajnych (1980, 1983, 1987, 1990, 1994, i 2001), 1 zgromadzenie ogólne nadzwyczajne (1985) i 8 zgromadzeń specjalnych (1980, 1991, 1994, 1995, 1997, 1998 [2] i 1999). 
W dniu 13 maja 1981 roku dokonano na Placu Świętego Piotra nieudanego zamachu na jego życie. Uratowany macierzyńską opieką Matki Bożej, po opuszczeniu szpitala, przebaczył zamachowcowi i, świadom ponownie otrzymanego daru życia, ze zwiększoną energią powrócił do zajęć duszpasterskich, poświęcając się im w sposób heroiczny.  Jego troska duszpasterska znalazła swój szczególny przejaw, między innymi w utworzeniu licznych diecezji, w promulgowaniu Kodeksów prawa kanonicznego dla Kościoła łacińskiego i dla Kościołów wschodnich oraz w promulgowaniu Katechizmu Kościoła Katolickiego. Momentami szczególnie ważnymi dla pogłębienia wiary Ludu Bożego było ogłoszenie Roku Odkupienia, Roku Maryjnego i Roku Eucharystii, jak również ogłoszenie Wielkiego Jubileuszu roku 2000. Wyrazem jego żywej troski apostolskiej była propozycja zwoływania Światowych Dni Młodzieży. 
Żaden z jego poprzedników nie spotkał się z tak wielką ilością wiernych: w audiencjach generalnych, których odbyło się 1160, uczestniczyło łącznie 17.600.000 pielgrzymów, nie licząc tych, którzy wzięli udział w audiencjach specjalnych i w zgromadzeniach liturgicznych oraz w spotkaniach w ramach pielgrzymek apostolskich. 
W czasie trwania Wielkiego Jubileuszu roku 2000 papież spotkał się z przeszło 8 milionami wiernych. Osobnym rozdziałem były spotkania z przedstawicielami świata polityki: odbyło się 38 wizyt oficjalnych i 738 audiencji udzielonych głowom państw, oraz 246 audiencji udzielonych szefom rządów. 

Zmarł w swoim apartamencie watykańskim, w sobotę 2 kwietnia 2005 roku, o godz. 21:37, w wigilię Niedzieli Przewodniej, Święta Bożego Miłosierdzia, które ustanowił. Uroczystości pogrzebowe odbyły się na Placu Świętego Piotra 8 kwietnia.